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1999年夏の高校野球長崎大会の結果

1999年の夏の高校野球長崎大会は、長崎日大が2年連続4回目の優勝を飾った大会である。決勝は2-0の接戦の末、海星を退けた。ベスト4には波佐見、佐世保工が入った。

優勝校・上位進出校

優勝	長崎日大 (決勝 2-0)
準優勝	海星
ベスト4	波佐見、佐世保工
ベスト8	長崎北陽台、長崎北、瓊浦、長崎総大付

決勝

勝者	スコア	敗者
長崎日大	2 - 0	海星

準決勝

勝者	スコア	敗者
長崎日大	3 - 2	波佐見
海星	5 - 1	佐世保工

準々決勝

勝者	スコア	敗者
長崎日大	9 - 0	長崎北陽台
波佐見	3 - 2	長崎北
海星	5 - 4	瓊浦
佐世保工	7 - 1	長崎総大付