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1999年夏の高校野球滋賀大会の結果

1999年の夏の高校野球滋賀大会は、比叡山が2年ぶり6回目の優勝を飾った大会である。決勝では近江を3-0で下した。ベスト4には大津商、彦根東が入った。

優勝校・上位進出校

優勝	比叡山 (決勝 3-0)
準優勝	近江
ベスト4	大津商、彦根東
ベスト8	東大津、能登川、安曇川、水口東

決勝

勝者	スコア	敗者
比叡山	3 - 0	近江

準決勝

勝者	スコア	敗者
比叡山	2 - 0	大津商
近江	2 - 1	彦根東

準々決勝

勝者	スコア	敗者
比叡山	7 - 5	東大津
大津商	5 - 4	能登川
近江	8 - 6	安曇川
彦根東	5 - 0	水口東